부부 공동명의로 임대주택 1채를 등록한 경우 장기보유특별공제(장특공제) 최대 70% 등 양도소득세 특례를 적용받을 수 있다고 정부가 결론을 내렸다.

앞서 국세청은 부부 공동명의 임대주택 1채에 대해 '각자 0.5채를 가진 것이라 기준에 미달한다'며 양도세 특례 혜택을 받을 수 없다고 법령 해석을 내려 몇 달 간 논란이 일었고, 이에 상급 기관인 기획재정부가 절차에 따라 유권 해석을 다시 한 것이다.

4일 관계부처·기관에 따르면 기재부는 부부 공동명의로 등록한 임대주택도 8년 이상 임대할 경우 조세특례제한법(조특법)상 양도세 과세특례 적용이 가능한지 질의한 민원인에게 지난 3일 '가능하다'는 회신을 했다.

조특법은 장기일반임대주택을 8년 임대했을 경우 양도세 50%를 감면해주고, 10년 임대했을 경우 70%의 장기보유특별공제를 적용해준다고 규정하고 있는데, 부부가 공동으로 등록한 임대주택 1채에 대해서도 이 규정이 적용된다는 최종 판정을 내린 것이다.

이는 당초 올 2월에 민원인이 국세청에 질의했던 사항이다.

국세청은 특혜 규정을 엄격히 해석해 공동사업자인 경우 지분 비율에 따라 주택 수를 계산한 뒤 '1호 이상'의 주택을 임대하는 사업자에 한해서만 장특공제 70% 등 양도세 특례 적용이 가능하다고 지난 5월 회신했다.

이런 사실이 알려지자 '주택 취득 시 부부 공동명의가 점차 늘어나는 추세인데 현실에 맞지 않는 해석'이라는 비판의 목소리가 커졌고, 해당 민원인이 국세청 해석에 반발해 지난 6월 말 기재부에 재해석을 요청해 이번에 최종 답변을 받은 것이다.

기재부가 국세청 해석을 뒤집고 이 같은 결론을 내리면서 가장 크게 고려한 부분은 민간임대주택특별법이 2인 이상이 공동명의로 1호의 주택을 임대하는 경우에도 각 공동사업자를 임대사업자로 인정하고 있다는 점이다.

민간임대주택법 시행령에서는 공동명의 주택을 임대하는 경우 공동으로 사업자 등록을 하도록 하는 등 공동사업자도 임대사업자로 보고 있다.

아울러 기재부는 조특법에서 임대주택 호수에 대한 별도의 요건 없이 '민간임대주택특별법에 따른 임대사업자가 일정 기간 이상 임대할 경우 조세 특례 적용이 가능하다'고 규정하고 있는 측면도 함께 감안했다.

그 결과, 민간임대주택법에 따라 공동명의로 1호 이상의 주택을 임대하고 있는 경우 개별 공동사업자에 대해 조특법에 따른 과세 특례 적용이 가능하다는 판단에 이르게 된 것이다.

이번 기재부 해석에서 눈여겨볼 점은 이번 유권해석이 부부 공동명의에 한정하지 않고 부모와 자녀 등 모든 공동사업자에게 적용된다는 점이다.

또한 이번 해석은 임대사업자의 양도세 장특공제 적용에 관한 것으로, 현재 1세대 1주택 부부 공동명의 주택 처분 시 양도세를 부과할 때 장특공제를 허용하고 있는 것과 논리적으로 일관되는 측면이 있다는 게 기재부의 설명이다.

만약에 앞선 국세청의 해석에 따라 양도세 특례 혜택을 적용받지 못한 채 더 많은 세금을 낸 경우는 조세심판이나 행정 소송, 국세청 경정청구 등을 통해 구제받을 수 있다. 또는 내년 5월 종합소득세 확정신고 때 기재부가 내린 새로운 유권해석에 따라 다시 신고하면 초과 납부한 세금을 돌려받을 수 있다.

다만, 국세청 법령해석이 있은 지 얼마 되지 않아 대상자가 많지는 않을 것으로 보인다.