5억원을 초과하여 배우자상속공제를 적용받기 위해서는 반드시 배우자상속재산분할기한까지 협의분할에 의한 등기 등을 하여야 한다.

피상속인의 사망으로 상속이 개시되어 상속세를 계산할 때에 배우자가 실제 상속받은 금액이 있는 경우에는 그 금액은 상속세및증여세법 제19조(배우자 상속공제)에 의하여 상속세 과세가액에서 공제한다.

이 배우자 상속공제액은 ①배우자가 실제 상속받은 금액, ②배우자의 법정상속분-가산한 증여재산중 배우자 수증분의 증여세 과세표준, ③30억원 중에서 가장 적은 금액이 된다.

이 경우 ①, ②, ③중 가장 적은 금액이 5억원 이하에 해당하거나 또는 배우자가 실제 상속받은 금액이 없는 경우에도 5억원은 적용받을 수 있다.

그런데, 배우자 상속공제액을 5억원을 초과하여 공제받기 위해서는 배우자가 실제 상속받은 금액을 상속세 과세표준 신고기한의 다음날부터 6월이 되는 날(배우자상속재산분할기한이라 한다)까지 상속재산을 분할한 경우에 한하여 적용한다.

다만, 배우자상속분을 분할하지 못하는 사실을 관할세무서장이 인정하는 부득이한 사유(상속인등이 상속재산에 대하여 상속회복청구의 소를 제기하거나 상속재산 분할의 심판을 청구한 경우 또는 상속인이 확정되지 아니하는 부득이한 사유 등으로 배우자상속분을 분할하지 못하는 사실을 관할세무서장이 인정하는 경우)가 있고 또한 그 부득이한 사유를 배우자상속재산분할기한까지 상속재산미분할신고서로 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 또 다시 배우자상속재산분할기한이 6개월 연장된다. 

여기서 '분할'이란 공동상속인간의 민법에 따른 협의분할 등을 통하여 배우자 상속분을 확정하여 배우자 상속재산분할기한까지 배우자 명의로 등기·등록·명의개서 등을 하거나 동산의 경우 배우자가 점유하는 등으로 배우자가 실제 상속받은 재산임이 확인되어야 한다(재산-374, 2011.08.03.).

최근 대법원은 "상속인 중 1인이 상속인 전부를 위하여 상속을 증명하는 서면을 첨부하여 법정상속분으로 상속을 원인으로 한 등기를 신청할 수 있으므로 상속을 원인으로 한 등기가 마쳐졌다고 하여 그 등기 내용대로의 상속재산분할협의가 이루어졌다고 인정할 수 없다"라고 판시(대법원2018다219451, 2018.05.15.)한 바 있다.

이 판결을 근거로 감사원도 상속세 신고 및 결정까지 공동상속인간의 민법에 따른 협의분할서가 제출되지 않고 협의분할서 없이 단순히 법정지분대로 상속등기된 경우에는 상속세및증여세법 제19조(배우자 상속공제)에 따른 '분할'에 해당되지 않으므로 5억원 초과분에 대한 배우자 상속공제를 부인하겠다는 감사를 실시한 바 있다.

따라서 상속개시일 현재 상속인으로 배우자가 있는 경우로서 5억원을 초과하여 배우자 상속공제를 적용받기 위해서는 반드시 배우자상속재산분할기한까지 공동상속인간의 민법에 따른 협의분할에 의하여 배우자 상속분을 확정한 후 배우자 명의로 등기 등을 완료하여야 5억원을 초과하여 공제받을 수 있음을 유의해야 한다.

또한 부득이한 사유로 인하여 배우자상속재산분할기한까지 배우자의 상속재산을 분할할 수 없는 경우에도 배우자상속재산분할기한까지 납세지 관할세무서장에게 상속재산미분할신고서를 반드시 제출하여야 함을 유의해야 한다.